Ok, tranquilo, tranquilo amigo mio, no os desespereis...
Mira te la planteo igual de la forma que tu lo hiciste:
En la primera parte Neo, al principo de nombre Thomas Anderson, es un individuo, que siente un vacio existencial y que algo le hace falta, sabe que hay algo mas alla afuera que le esta llamando, tras conocer a Morpheus, Trinity y a la demas tripulacion del Nabucodonosor (creo que asi se llamaba la nave), toma una decision definitiva, y despierta de un sueño profundo, el cual es denominado The Matrix, luego le explican que en el mundo real, se libro una gran batalla entre la raza humana y su propia creacion; La Inteligencia Artificial (Las maquinas) no se sabe exactamente quien inicio la batalla, pero es seguro que el responsable de la destruccion del Cielo (El Sol, la primordial fuente de energia en el planeta), fue el Hombre en un intento deseperado por derrotar a las maquinas, pues, fue un fracaso rotundo, al caer las sociedades civiles una tras otra, las maquinas emplearon un estudio muy sofisticado y mucha investigacion capturando y estudiando seres humanos, y llegaron a la conclusion macabra de utilizar humanos como principal fuente de energia despues de haber perdido la energia solar como primera fuente, entonces, las maquinas empezaron a crear humanos artificiales, de los cuales cocechaban, y para mantenerlos bajo control, se creo la Matrix (Matriz), un mundo ficticio recreando un mundo basado en la historia del ser humano... Neo al principio se niega acreer esto, pero poco a poco va aceptando la cruda realidad, y aceptar, aprender a vivir en ella
Neo, resulta ser el sexto de la generacion de elegidos, (siendo los otros cinco sucesores un fracaso), su tarea es liberar a los seres humanos del sueño eterno, el tiene que liberar su mente a un punto en el que basicamente es considerado un Dios, el es el unico que logra cumplir su cometido, ya que es el primero en experimentar el sentimiento del amor... A pesar de que el Oraculo le comenta que no es el elegido, resulta que en realidad si lo era, que el Oraculo, solo le dijo eso como parte de una prueba, para que el aprendiera a liberar su mente, tambien le comentan que sus poderes van mas alla del entendimiento y funcion humana, ya que el fue creado con este proposito en especial... Es verdad el queda inconciente, y su mente viaja a un mundo paralelo entre este mundo y el de las maquinas, donde Trinity y Morpheus tienen la mision de ir a recuperarlo, el wey que estaba al lado de el, era Smith, dentro de el cuerpo de uno de los soldados de la raza humana, infectado con su escencia...
Zion, es la ultima fortaleza humana con seres humanos 100% puros viviendo en ella y peleando en contra de las maquinas, liberando mas mentes humnas de Matrix...
Se encuentra ubicada cerca del nucleo de la Tierra donde aun quedan pocos recursos, como minerales, calor, energia, etc, todo lo necesario para sobrevivir, ahi se establecieron para comenzar de nuevo, asi como te explique lo de Neon Genesis Evangelion...
Smith, es un programa dentro de la Matrix creado con el proposito de moderarla, y asegurase de que no haya problemas con los humanos, u otros programas alterando la homeostasis del Universo de Matrix, a este y otros programas centinelas, se les denomina con el nombre de agentes...
Smith, es destruido por Neo, al ser expuesto a una especie de fusion, ya que Neo se introduce en el y se autodestruye, en este lapso, exlican que todos los programas de Matrix, al ser destruidos deben optar por ser eliminados, pero Smith se nego, en cierta forma, el se convirtio en Neo, en su contraparte, (tu sabes, eso del Yin y el Yang, no?), y se convierte en una especie de virus dentro de Matrix, se convierte en el principal problema, al eliminar y reproducirse a si mismo con los habitantes y programas de Matrix (uniendose tambien con el Oraculo, quien le brinda todos su poderes haciendolo el equivalente de Neo en fuerza), asi que Neo en una ultima mision e intento por frenar el conflicto, viaja junto con Trinity al maravilloso y hermoso reino de la maquinas (aqui Trinity pierde la vida), Neo habla con el "Arquitecto", (el original creador de Matrix, al parecer el programa maestro y el maximo exponente representante del reino de las maquinas), y aprovecha esto, proponiendo a las maquinas, que si el derrota a Smith, y limpia Matrix, se acabaria el conflicto en tre humanos y maquinas de una buena vez y por todas, y se liberarian todas las mentes humanas atrapadas dentro de Matrix, de mala gana acceden, y conectan a Neo por ultima vez, en donde se enfrenta a muerte contra Smith, donde se fuciona nuevamente con el y se autodestruye...
Wey, siempre me haces escribir demasiado en tus preguntas, jejejejeje, saludos desde México mi amigo ecuatoriano!!!
P.D. Tambien te recomiendo una serie de anime llamada "The Animatrix", aqui hay diferentes historias, de las cuales algunas hablan de la historia de como se formo Matrix, y el conflicto con la raza humana, si no mal recuerdo la historia de "El Segundo Renacimiento partes 1 y 2", explica muy bien los hechos, hay sangre, mucha sangre, jejejejeje... Son como nueve hstoraia, muy bien elaboradas,
Se nota que no me gusta Matrix, verdad? JAJAJAJAJAJAJAJAJA!!!
SALU2!