Primero, te recomiendo ver así: Matrix1 - Animatrix - Matrix 2 y Matrix 3... Neo si muere, luego hay que entender que dentro de la Matriz también hay programas rebeldes (exiliados, como el merovingio, el cerrajero, etc) y 2 programas autónomos que son la fuente y la base en que se construye Matriz: El arquitecto (que controla todo el sistema, excepto a los rebeldes a los cuales solo puede poner un límite a sus acciones con los agentes pero no los controla) y el oráculo (que trata de controlar a los que se dan cuenta que la Matriz es en realidad una prisión)... Hay que entender que así como el ser humano no es 100% perfecto, tampoco los programas son 100% perfecto. El agente Smith, luego de su pelea con Neo y su supuesta muerte, logra mutar su código para sobrevivir convirtiéndose en un virus, el cual puede apoderarse de toda la Matriz al poder autocopiarse dentro de otros programas e incluso dentro del cerebro de las personas conectadas (algo que no había aparecido en las versiones anteriores de la Matriz), por lo tanto el robot cerebro de la ciudad de las maquinas tiene que buscar una antivirus para eliminar a Smith, algo que no logra hacerlo, ya que Smith conoce toda la Matriz, Neo es un humano que se da cuenta que la Matriz solo es un programa al cual se conecta... por lo tanto adquiere la conciencia de que puede cambiar las reglas del juego al cambiar libremente el código... es así como tanto Smith como Neo se puede decir son programas virales (Smith desea controlar todo por eso se autocopia, Neo solo desea proteger Zion no autocopiarse), por lo tanto Neo al hacer el pacto de paz con las máquinas, establece que Zion no sea eliminada (como en anteriores ocasiones), las personas conectadas que deseen liberarse lo logren hacer sin represalias y se detenga el exterminio de los seres humanos en el mundo real, Neo elimina a Smith, haciendo que este lo asimile y luego destruyéndolo desde dentro (como un caballo de Troya)... por lo tanto Neo cumple su trato y las máquinas tienen que cumplir su trato. La razón del conflicto no es que las maquinas usaban a los humanos como fuente de energía... (te recomiendo ver Animatrix), las maquinas desean ser consideradas con los mismos derechos y deberes que los humanos, los humanos no lo aceptan, allí comienza el conflicto y la guerra (lamentablemente iniciado por los humanos), durante la guerra son los humanos quienes crean una atmósfera para que la luz del sol no llegue a la superficie terrestre (pues las máquinas usaban la energía solar como fuente de energía)... es así que durante este escenario las máquinas se dan cuenta que los seres humanos pueden ser una fuente de energía y así los usan ya que no hay luz solar en la superficie... sin embargo los seres humanos necesitamos estar conscientes del medio donde estamos (ya sea un mundo real o virtual) no solo nos pueden hacer dormir (aparentemente si solo te pusieran en coma, el ser humano no sobreviviría y moriría rápidamente) por lo cual crean la Matriz donde conectan a todos los seres humanos... aparentemente las maquinas hicieron que la Matriz fuera un mundo utópico lleno de felicidad, pero la imperfección humana es tal que siempre buscamos más... por lo cual no funcionó esa versión y tuvieron que crear una nueva Matriz similar al mundo real (con alegrías tristezas y demás emociones), obviamente nada es perfecto y siempre habría quienes se darían cuenta y buscarían desconectarse... por eso permiten la existencia de Zion y el elegido es el que siempre tiene que reunir a los nuevos fundadores de Zion y hacer que el ciclo comience nuevamente una y otra vez. Así que se supone que en este nuevo mundo de paz, los seres humanos libres y las maquinas tendrían que trabajar juntos para eliminar la atmósfera negra que impide que los rayos del sol lleguen a la superficie de la tierra y así ya no sea necesario la Matriz. Recuerda que hay muchas personas que prefieren vivir en la Matriz, por eso solo se libera a los púberes y jovenes y no a los adultos a excepción que se hayan dado cuenta de la realidad y busquen liberarse. Si tienes dudas me avisas... Ahora queda la interrogante ¿el mundo en el que vivimos es un mundo real o un mundo virtual?...